Avant la mise en bouteille, il est nécessaire de procéder un dernier contrôle des caractéristiques organoleptiques et analytiques du vin, par dégustation et par une ultime analyse. En fonction des résultats, il est possible qu'un collage ou une filtration finale soient effectués. La mise en bouteille nécessite en règle générale, une filtration stérilisante réalisée sur plaques ou sur membranes.

L’embouteillage nécessite l’utilisation de matériels parfaitement propres, en respectant des conditions d'hygiène très rigoureuses. 

En Alsace, la loi de 1972 impose la mise dans l'aire de production. En outre, les vins tranquilles doivent être embouteillés dans la bouteille type "flûte du Rhin".